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2011년 ABRF 의 Protein Sequencing 기술비교 결과 - Protein Sequencer(edman법) - MS 기술 비교

 
2011년 ABRF 의 Protein Sequencing 기술비교 결과:
Protein Sequencer(edman법) - MS 기술 비교
Association of Biomolecular Resource Facilities 의 Protein Sequencing Researching Group 의 2011 년도 연례 sequencing study 결과
- 연구 목적 : 각국의 protein sequencing 을 연구하는 연구실에서의 매년 동일한 조건에서 준비된 아미노산 서열을 알지 못하는 sequencing 시료를 각 참가 연구실에서 Edman sequencing, MS sequencing 의 방법인 Bottom-up 방식 그리고 Top-down 방식의 세 가지 접근 방식을 통해 protein sequencing 의 역량을 매해 평가하는 행사. 또한, 어떠한 tool 이 과연 protein sequencing 에 보다 효율적인 방법인지에 대한 평가 결과의 참고로 삼는 자료 (별첨 PDF 파일 : 2011 년 PSRG 의 study 결과 poster 파일).
- 결과 요약
1) Edman sequencing 결과
37개 참가 연구실에서 분석한 결과 평균 20~25 mer 에 해당하는 N-terminal sequence 를 정확하게 분석하는 결과를 얻었다. 이를 통해 단백질/펩타이드 의 N말단 서열 분석에서의 효율적인 분석 방식은 Edman sequencing 의 접근 방법임을 알 수 있다. 또한, 일부 연구실에서는 완벽하게 미지 서열의 시료에 대한 전체 아미노산 서열을 결정하는 곳도 확인할 수 있었다.
2) MS sequencing (Bottom-up 방식) 결과
MS sequencing 의 장점은 동시에 N-terminus 와 C-terminus 의 아미노산의 서열을 밝힐 수 있는 이론적 가능성을 가지고 있으나 이번 study 결과, 6곳의 참가 연구실에서 2곳을 제외한 나머지 연구실에서는 N-terminus 의 서열 결정을 실패하였고 경우에 따라서는 정확하지 않은 서열을 보고한 결과도 확인할 수 있었다. 그리고 대부분의 참가 연구실에서는 C-terminus 의 서열 결정을 성공하지 못하였다. 이런 결과를 도출하게 된 가장 큰 이유는 아미노산의 측쇄를 이온화하여 각각의 아미노산이 가지는 고유의 질량값을 통해 아미노산을 결정하지만, 정확하지 않게 측정된 mass data는 정확한 아미노산을 결정짓는데 가장 큰 난관이 된다는 사실을 시사한다.
3) MS sequencing (Top-down 방식) 결과
Top-down 방식의 sequencing 분석 결과 준비된 시료의 조건에 대한 제한으로 인해 sequencing 분석을 진행한 참가 그룹이 없었다. 가장 큰 이유는 aqueous 조건의 정제된 단백질이 최소 100pmol 의 많은 양을 필요로 하기 때문에 본 협회에서 준비된 시료의 조건과 양은 이 분석 방식에는 적합하지 않음을 확인하였다.
표. 2011년 ABRF의 PSRG Sequencing 결과보기 첨부
- 자료출처
Association of Biomolecular Resource Facilities 의 PSRG 의 2011 년 발표자료
2011년 protein sequencing study 를 통해 확인한 사실은 비교 우월한 결과를 통해 알수 있듯이 N-terminal sequencing 의 접근 방식은 Edman sequencing가장 우수한 tool 임을 확인하였고 부분적이나마 Bottom-up 방식의 N-(C-)terminus 의 sequencing 은 시료에 대한 기기의 분석 조건 그리고 분석자의 분석능력이 결과를 크게 좌우한다는 사실을 확인한 것이다. 덧붙여서 Top-down 방식의 protein sequencing 방식은 분석 시료에 대한 조건과 양적인 제한성의 한계 극복이 가장 선결 해야 될 문제로 사료된다.
위 요약 내용은 PSL에서 해석한 내용으로 ABRF의 원문 또는 연구목적과는 다른 해석이나 견해 차이가 있을 수 있음을 알림니다
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